A proteção da vida selvagem e o bem-estar dos animais são a principal preocupação do Zoo Santo Inácio. Neste sentido, todas as espécies acolhidas pelo Zoo habitam em verdes e amplos ambientes, concebidos de forma a recriar os habitats de origem, proporcionando-lhes as melhores condições de conforto para que se possam manter saudáveis e com comportamentos genuínos. Em 2000, o Zoo abriu portas com o objetivo de aproximar a comunidade da Natureza e da Vida Selvagem, alertando para a crescente importância da Conservação das Espécies da Fauna e da Flora de todo o mundo. Em 2004 tornou-se membro da Associação Europeia de Zoos e Aquários (EAZA), em 2006 foi fundador da Associação Portuguesa de Zoos e Aquários (APZA) e é um dos poucos Zoos nacionais que, em parceira com a EAZA, participa em Programas Europeus de Preservação de Espécies Ameaçadas de Extinção – EEP. No ano de 2014, o Zoo Santo Inácio passou a integrar o Grupo Thoiry, ao qual pertencem o Thoiry Zoo Safari e o Safari de Peaugres, permitindo, desta forma, fortalecer o movimento a favor da Conservação da Natureza. O Zoo Santo Inácio participa em mais de 40 Programas EEP, envolvendo mais de 150 animais e tendo já favorecido o nascimento de mais de 90 crias. A sensibilização da população para a proteção e conservação das espécies selvagens constitui um dos principais objetivos do Zoo Santo Inácio e, como consequência, a participação ativa na Conservação da Natureza, especialmente das Espécies que se encontram Ameaçadas de Extinção, constitui a nossa grande missão.
